Kanał ma 250, a Muzeum — osiemnaście

Wszystko to dzięki determinacji i pasji śp. Sebastiana Malinowskiego – nauczyciela historii w III Liceum Ogólnokształcącym w Bydgoszczy oraz sponsora Pana Krzysztofa Wiśniewskiego, właściciela firmy „GHB Krzysztof Wiśniewski.” Nad wszystkim czuwała ówczesna dyrektor Pani Grażyna Dziedzic. Podpisano również akt założycielski i przedstawiono idee statutowe działalności Muzeum Kanału Bydgoskiego — napisano na profilu Muzeum na Facebooku.
Pierwszym kustoszem był od września 2006 do przedwczesnej śmierci w lutym 2008 r. – Sebastian Malinowski, którego imię muzeum nosi do dnia dzisiejszego.
W marcu 2008 roku kustoszem został Tomasz Izajasz - nauczyciel historii w III Liceum Ogólnokształcącym w Bydgoszczy. Pasjonat, miłośnik Bydgoszczy i Kanału Bydgoskiego.
W czerwcu 2021 roku Muzeum zostało przeniesione do wyremontowanego budynku na sąsiedniej ulicy, gdzie kiedyś mieściło się przedszkole. Nowa, większa i nowoczesna siedziba, umożliwiła rozwój muzeum zarówno pod kątem edukacyjnym, jak i turystycznym. Miejsca tworzą ludzie, takim jest Muzeum Kanału Bydgoskiego, które nieustannie rozwija kustosz Tomasz Izajasz ze swoim zespołem.